وجه تسمیه بنا به «گنبد خشتی» نیز به دلیل آجری یا خشتی بودن آن بوده است.
فضای ورودی بنا از ضلع جنوبی آن وارد رواقی چهار ضلعی می‌شود و سپس به محوطه اصلی، با چهار شاه‌‌نشین منتهی می‌گردد.
در زمان احداث بنا «سوره ملک» با خط خوش ثلث در زیر پوشش داخلی، کتیبه شده، لبه‌های چهار ایوان نیز با سوره واقعه به قلم شیوای ریحان آراسته گردیده است.
بنابر شواهد، گنبد خشتی در زمان قاجار مرمت و فضای داخلی آن با نقاشی وکتیبه مزین شده است.